Doctor Who relate les aventures de son personnage principal, un extraterrestre de race inconnue, se présentant comme un Seigneur du Temps, appelé le Docteur.
Ayant été élevé par Tecteun, une Shobogan, race originelle de la planète Gallifrey, devenue par la suite celle des Seigneurs du Temps (Time Lords), le docteur est originaire d'une planète inconnue, trouvé au pied d'un portail décrit comme "une frontière vers une dimension ou un univers inconnu"7, sur une planète déserte aux confins d'une galaxie. Il a grandi sur la planète Gallifrey qui se trouve dans la constellation de Kasterborous et voyage à bord d'un TARDIS (Time And Relative Dimension In Space, ou Temps À Relativité Dimensionnelle Inter-Spatiale en français8), une machine pouvant voyager dans l'espace et dans le temps. Il est présenté comme l'enfant intemporel7, premier être à s'être régénéré sur Gallifrey, et étant à l'origine du code génétique des Seigneurs du Temps. Il n'est donc pas limité en nombre de régénérations, contrairement à ces derniers, qui lui ont cependant retiré la mémoire afin qu'il vive comme eux. Particulièrement attaché à la Terre, il est régulièrement accompagné dans ses voyages par des compagnons, pour la plupart humains et féminins.
Le TARDIS du Docteur a l'apparence d'une cabine téléphonique de police bleue britannique des années 1960, le système de camouflage (permettant de se fondre dans le lieu et l'époque où il se pose) étant resté bloqué lors du tout premier épisode de la première série. Le TARDIS est plus grand à l'intérieur qu'à l'extérieur, suscitant l'étonnement de ceux qui y entrent. Le Docteur est également équipé d'un tournevis sonique, un outil qui possède plusieurs fonctions, tel que le déverrouillage ou la réparation d'objets.